Le infezioni virali dell’apparato respiratorio sono altamente contagiose e possono essere provocate da numerosi agenti patogeni, tra cui virus influenzali, parainfluenzali, virus respiratorio sinciziale, coronavirus, rhinovirus, coxsackievirus, adenovirus, bocavirus e metapneumovirus.

I virus sono microrganismi di dimensioni estremamente ridotte che necessitano di cellule viventi per replicarsi. Dopo essersi legati alla cellula ospite, penetrano al suo interno e rilasciano il proprio materiale genetico (DNA o RNA), che dirige la cellula a produrre nuove particelle virali, causando generalmente la morte della cellula infetta.

Tra i virus emergenti responsabili di infezioni respiratorie si annoverano il SARS-CoV (identificato nel 2002), i virus dell’influenza aviaria H5N1 e H7N9, il MERS-CoV (2012) e il nuovo coronavirus SARS-CoV-2.

Le particelle di SARS-CoV-2 hanno forma sferoidale e un diametro di circa 100–160 nm. Presentano un envelope lipidico con glicoproteine superficiali che conferiscono l’aspetto “a corona”. Il genoma è costituito da RNA a singolo filamento a polarità positiva di circa 30 kb e codifica quattro proteine strutturali e sedici non strutturali. L’ingresso virale avviene tramite legame della proteina Spike con il recettore ACE2, seguito da internalizzazione, fusione con la membrana endosomiale e rilascio dell’RNA genomico, che viene immediatamente tradotto nelle poliproteine pp1a e pp1ab, precursori delle proteine necessarie alla replicazione virale. La successiva sintesi di RNA subgenomici permette la produzione delle proteine strutturali, che si assemblano con il genoma per formare nuove particelle virali.

Appartenente alla famiglia Coronaviridae, SARS-CoV-2 è stato identificato nel dicembre 2019; la sua sequenza genomica, resa disponibile il 7 gennaio 2020, mostra circa l’80% di identità con SARS-CoV-1. L’elevata trasmissibilità ha portato l’OMS a dichiarare lo stato di pandemia.

L’analisi diagnostica per SARS-CoV-2 viene eseguita su RNA estratto da tamponi respiratori mediante Real-Time RT-PCR in modalità simplex, mirata a due regioni del gene N (N1 e N2), con il gene umano RNase P (RP) come controllo. La metodica comprende tre fasi: isolamento dell’RNA virale, retrotrascrizione e amplificazione in tempo reale del cDNA.

Il kit SARS-CoV-2 identifica il bersaglio N1 tramite fluoroforo FAM, N2 tramite VIC e il controllo RP tramite FAM. Il kit Ampli SARS-CoV-2 garantisce una sensibilità e specificità del 99%.